Con el fin de agilizar y optimizar el trabajo diario, el CD Cuenca-Mestallistes 1925 se estructura en las siguientes comisiones.
- Comisión permanente, formada por el Presidente, el Secretario, un vocal de la Junta Directiva y uno o dos miembros de la Asamblea.
- Comisión económica-patrimonial, formada por el Presidente, el Secretario, el Tesorero, un vocal de la Junta Directiva y uno o dos miembros de la Asamblea.
- Comisión deportiva, formada por el Presidente, uno o dos miembros adicionales de la Junta Directiva, el entrenador, un representante de los futbolistas y uno o dos miembros de la Asamblea.
- Comisión cultural, formada por el Presidente, uno o dos miembros adicionales de la Junta Directiva y uno o dos miembros de la Asamblea.
- Comisión de publicidad y comunicación, formada por el Presidente, uno o dos miembros adicionales de la Junta Directiva y uno o dos miembros de la Asamblea.
